Students will be introduced to two software libraries in the field of -omics research (SeqAn and OpenMS) and how to rapidly implement efficient algorithms for -omics data. In addition we will work with the data analytics platform KNIME. After getting acquainted with the libraries students will work and extend production grade -omics workflows
In diesem Praktikum werden Algorithmen zur Analyse von Massenspektrometrie Daten implementiert, und zwar im Rahmen der Software-Bibliothek OpenMS, die zur Zeit in unserer Arbeitsgruppe entwickelt wird. Mithilfe der zu implementierenden Module werden komplexe Analyse-Pipelines für Proteom/Metabolom Daten in KNIME realisiert. Gute Kenntnisse in C/C++ werden vorausgesetzt.
Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
In diesem Praktikum werden Workflows für die Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden dabei verschiedene Workflowsysteme (KNIME, Galaxy, Snakemake) kennenlernen und verwenden. Die Teilnehmer werden dabei anhand aktueller Literatur ihre Workflows eigenständig erarbeiten, testen und verfeinern. Dabei werden sowohl Kenntnisse im Rahmen der Workflow ...
Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
This seminar will cover central aspects of modern bottom-up proteome analysis by mass spectrometry with a focus on bioinformatic algorithms and data analysis. Covered topics will include isotope model calculation, identification of mass spectra, false-discovery-rate estimation using decoy peptides, absolute and relative quantification of proteins and correlation between mRNA and protein ...