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SoSe 2018

19400313: Angewandte Sequenzanalyse (Praxisseminar)
Students will be introduced to two software libraries in the field of -omics research (SeqAn and OpenMS) and how to rapidly implement efficient algorithms for -omics data. In addition we will work with the data analytics platform KNIME. After getting acquainted with the libraries students will work and extend production grade -omics workflows
InstructorSandro Andreotti
19403413: Projektmanagement im Softwarebereich - OpenMS (Softwarepraktikum)
In diesem Praktikum werden Algorithmen zur Analyse von Massenspektrometrie Daten implementiert, und zwar im Rahmen der Software-Bibliothek OpenMS, die zur Zeit in unserer Arbeitsgruppe entwickelt wird. Mithilfe der zu implementierenden Module werden komplexe Analyse-Pipelines für Proteom/Metabolom Daten in KNIME realisiert.  Gute Kenntnisse in C/C++ werden vorausgesetzt.
InstructorChris Bielow, Sandro Andreotti
Registration Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
19404313: Projektmanagement im Softwarebereich - Workflows (Softwarepraktikum)
In diesem Praktikum werden Workflows für die Analyse von biologischen Daten konzeptioniert und implementiert. Die Teilnehmer werden dabei verschiedene Workflowsysteme (KNIME, Galaxy, Snakemake) kennenlernen und verwenden. Die Teilnehmer werden dabei anhand aktueller Literatur ihre Workflows eigenständig erarbeiten, testen und verfeinern. Dabei werden sowohl Kenntnisse im Rahmen der Workflow ...
InstructorSandro Andreotti, Chris Bielow
Registration Die Praktikumsplätze werden über ein besonderes Anmeldeverfahren vergeben. Beachten Sie dazu die Hinweise auf der Webseite des Studienbüros zum Softwarepraktikum.
19404511: Introduction to Computational Proteomics (Seminar)
This seminar will cover central aspects of modern bottom-up proteome analysis by mass spectrometry with a focus on bioinformatic algorithms and data analysis. Covered topics will include isotope model calculation, identification of mass spectra, false-discovery-rate estimation using decoy peptides, absolute and relative quantification of proteins and correlation between mRNA and protein ...
InstructorChris Bielow
Preparatory meeting: March 29th 10 am c.t. in K21/Taku9.