In diesem Praktikum werden wir am Beispiel unserer open-source Bibliothek OpenMS (www.openms.de) realitaetsnah ein C++ Programmierprojekt bearbeiten und dabei Algorithmen, Datenstrukturen und evtl. grafische Benutzerinterfaces reimplementieren oder neu entwicklen.

Dabei werden wir Tools zur Entwicklung, Debugging, Performance-Profiling, Source-Code Management im Team und Continuous-Integration kennen lernen.

OpenMS ist eine der meistverwendeten Softwarebibliotheken zur Analyse von Massenspektrometriedaten und besitzt eine sehr umfaengliche Sammlung an schnellen und effizienten Algorithmen. OpenMS wird staendig weiterentwicklet und auch kommerziell genutzt.

Gute Kenntnisse in C++ werden vorausgesetzt (der Besuch des C++ Blockkurses 08.03. - 19.03.2021 kann als Auffrischung benutzt werden).

Projektvorstellung für das OpenMS Softwarepraktikum:

Es wird eine Projektvorstellung geben, die auf den Inhalt und Organisatorisches genauer eingeht und evtl. als Entscheidungshilfe bei der Projektwahl dienen kann. Alle Studierenden sind herzlich dazu eingeladen. Die Anwesenheit ist optional.

Friday, January 22, 2021

10:15 am  |  (UTC+01:00) Amsterdam, Berlin, Bern, Rome, Stockholm, Vienna  |  2 hrs
https://fu-berlin.webex.com/fu-berlin-en/j.php?MTID=m7b164a88d038f8375f54618661b52c9f

Im Anschluss wird um 10:30 unter gleicher Adresse, das SWP Workflows vorgestellt.

Allgemein

Zu den unten genannten Terminen (Tutorialwoche und Vorträge) gibt es eine Anwesenheitspflicht. Die Ausarbeitung des Projektplans und die Bearbeitung der Projekte erfolgt dann in selbständiger Arbeit mit Unterstützung des Betreuers.

Während dieser Zeit treffen sich die Teilnehmer regelmäßig (ca. wöchentlich, auf Wunsch öfter) mit ihrem Betreuer.

Voraussetzungen

• Erfahrung in objektorientierter Programmierung (Java, C++, ...) 
• C++ Kenntnisse empfehlenswert (C++11 und höher aber wenig Templates) 

Zeitplan

Datum	Termin/Dauer	Ort	Inhalt
22. Januar	10:15, 15 Minuten	WebEx	Projektvorstellung (freiwillig) - als Entscheidungshilfe https://fu-berlin.webex.com/fu-berlin-en/j.php?MTID=m7b164a88d038f8375f54618661b52c9f
Mitte-Ende Februar	?	tbd	Vorbesprechung (Zeitpunkt flexibel verschiebbar +-2 Wochen); genaue Terminabstimmung per Email
22.03. - 26.03.	9 -  ?	tbd	Tutorials / Einführungswoche
...	...	...	weitere Vertiefung ins Thema (selbstständig)
06.04. - 14.05.	Freitags 10 - 12	tbd	Wöchentliche Treffen begleitend zur selbstständigen Programmierarbeit und Anfertigung des Berichts
21.05.	9 - 12	tbd	Vorstellung der Ergebnisse

Ressourcen

Projektvorstellung

• Projektvorstellungfolien: hier.
  

C++

• A Tour of C++

OpenMS

• http://www.openms.de

KNIME

• www.knime.org